Im Zuge der Aufstellung der ersten Einheiten der Deutschen Luftwaffe erfolgte auch ihre Ausrüstung mit Flugzeugen für die Ausbildung der Piloten. Die Ausbildung mit den aus den USA, Frankreich und Italien stammenden LFZ-Typen begann in grösserem Rahmen in Ütersen, Nörvenich, Kaufbeuren, Augsburg und Fürstenfeldbruck. Die in Süddeutschland zuvor von den amerikanischen fliegenden Einheiten verlassenen Flugplätze wurden von der neuen Deutschen Luftwaffe übernommen. Unabhängig davon betrieb der AACS der USAFE dort weiterhin die FS-Dienste mit Flugplatz- und Anflugkontrolle. Das Fürstenfeldbruck RAPCON war für mehrere dieser Luftwaffen-Basen gleichzeitig zuständig und wurde mit Radar (SRE und GCA) betrieben. Fürstenfeldbruck RAPCON und München ACC waren die zuständigen FS-Stellen für die Kontrolle der An- und Abflüge dieser Flugplätze. In Norddeutschland gab es durch den entstehenden Flugbetrieb der DLW anfangs nur geringfügige Veränderungen. Die bestehenden FS-Stellen der RAF und BFS kontrollierten auch diesen zusätzlichen Verkehr. Änderungen wesentlichen Ausmasses traten erst mit der Aufnahme des regulären Flugbetriebs der Luftwaffe ein.
Aber der Flugbetrieb der DLW führte im Laufe der Zeit zu der Forderung nach eigenen militärischen FS-Bezirkskontrollzentralen zur Kontrolle ihrer militärischen Flüge unter eigener Regie. Die RAPCONs waren eigentlich Anflugkontrollstellen (APP) für die Kontrolle ab- und anfliegender militärischer Flugzeuge von und zu den Fliegerhorsten. Diese Art ATS-Betrieb, Anflugkontrolldienst darstellend, wurde im ganzen Bereich der BRD von den alliierten Anflugkontrollstellen (RAPCONs) der USAFE, RAF, FAF und RCAF in gleicher Art und Weise in ihren militärischen TMA ausgeübt.
Eine zweite Entwicklung wird die Errichtung von Zentralen, sogenannter „Radarführungsdienste“, darstellen, die ebenfalls unter der Bezeichnung FS-Bereichszentralen entstehen werden, aber weder ICAO FS- noch NATO LV-Stellen darstellen. Es entwickelt sich hieraus eine Art Parallelbetrieb mit militärischen FS-Stellen, „Flugsicherungs-Bereichszentralen - FS-Ber-Z“ genannt, LV-Zentralen und Bezirkskontrolle der BFS in ein und demselben Luftraum. Mit der Einheit der Kontrolle über einen bestimmten Teil des Luftraums hatte dies im Sinne der ICAO (siehe Anhang 11 - ATS - Unity of Control) mindestens 20 Jahre lang nichts zu tun. Man hatte ja den Artikel 38 und wich von der Anhang 11 Richtlinie ab.
Dies stand im Widerspruch zum Gesetz über die Zuständigkeit der BFS, wird aber im oberen Luftraum eine Zeitlang geduldet werden, obwohl FS-Bezirkskontrolle unter die alleinige Zuständigkeit der BFS fällt. In einigen LV-Stellen der RAF werden im Laufe der Zeit zur Absicherung von deutschen F-104 Flügen Flugsicherungs-Zellen der Deutschen Luftwaffe zur Unterstützung ihrer Flüge entstehen, so wie z.B. in Auenhausen unter dem Rufzeichen MANDRILL.
Nachdem die BRD 1964 ihre Zuständigkeit über den oberen Luftraum an EUROCONTROL abtreten wird, wird in der Hannover FIR/UIR diese Entwicklung dazu führen, dass die Luftwaffe beginnt, in Uedem bei Goch eine eigene Streckenkontrolle für militärische Flüge der Kategorien „Allgemeiner Verkehr - GAT“ (General Air Traffic) und „Operationeller Verkehr - OAT“ (Operational Air Traffic) zu errichten. Im gesamten Bereich der BRD werden dadurch zwischen Luftwaffe und BFS Integrations-, Kolokations- und Segregationsprobleme des FS-Betriebs entstehen, die beide Organisationen über viele Jahre beschäftigen werden.
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